主人公以新生的身份来到了深山里一所耸立着大型钟塔的 全住宿制校园。然而，他在第一天上学就突然被卷进麻烦里面，毁坏了校园门口一个样子很贵重的像。在学园长所下达的、以劳动一段时间来作为赔偿的指示下，主 人公与作为麻烦的源头的一个男学生一起，被分配到“特殊事案调査分室”。当他们来到巨大的地下图书馆内部的分室房间时，里面正有一个冷淡的少女在等着他 们。

毫无来由地，两人被少女所告知：

这个学校里，生活着真正的魔物——

伴随着钟塔的钟声，学校会显现出“夜之世界”，并与校舍一体化。

分室的任务，就是要去解决在学校里发生的有关魔术的问题。

就这样，主人公等人在各种的“遗品（ミスト）”的捉弄下开始为校园而奔波。