樱田纯，是一名不愿上学而长期不出家门的中学生，热衷于上网购物，喜欢在购买物品后的退货限期内退回。有一天收到一封自称是人工精灵荷里耶的来信，上面只写着“上发条/不上发条”的选项，在好奇心的驱使下选择了“上发条”，之后房间就出现了一个没有署名的神秘皮箱，里面装着一个美丽而且质感近似真人的人偶少女。 当纯使用木箱内的发条转动背部的开关后，人偶有生命般地活动起来，对纯说：“我的名字叫真红，是蔷薇少女中的第五位人偶。”就在此时，突然了出现了被水银灯所操控的小熊人偶，在生命受到威胁的情况下，真红要求纯与她签下契约才能平安无事。纯虽然万般无奈且完全不明发生了些什么事，但只能稀里糊涂地成为了真红的媒介，定下契约成为了主仆关系。 而从那以后，一个个结下类似契约的人类和人偶出现在纯和真红面前。名为Rozen Maiden（蔷薇少女） 的人偶们的战斗就此开始了